武夷茶區析重視茶樹良種，一向注重選種，采取單株選種的方法。從武夷種茶樹（當地習慣稱菜茶）中，選出優良單株，以樹為名，分株采制，通過反復評比，多年考驗，才能獲得品質優異的名叢。這種選種活動歷史悠久，可追溯到宋代。清代郭柏蒼在《閩產錄異》（1886年前后）中記載：“鐵羅漢、墜柳條，皆宋樹，又僅一株，年產少許。”清代陸廷燦在《續茶經》中說：“武夷五曲朱文公書院內，有茶一株，葉有臭蟲氣，及焙制出時，香逾他樹，名曰臭葉香茶。又老樹數株，云文公手植，名曰宋樹。” 
    通過單株選種選育出的制茶品質特別優異的單株茶樹，當地稱為單叢，亦稱名叢，并有各自的花名，一樹一名。這種有花名的單叢，在武夷山多達上千種。武夷山單叢花名的命名，饒有趣味。以神話傳說命名者，有大紅袍、白雞冠、紅孩兒、白牡丹等；以成品茶香型命名者，有肉桂、白瑞香、石乳香、夜來香、十里香等；以發芽遲早命名者，有不知春、迎春柳等；以葉形命名者，有瓜子金、金柳條、倒葉柳等；以生長環境命名者，有不見天、半天妖、吊金鐘、過山龍等；還有金鎖匙、醉海棠、釣金龜、水金龜、一枝春、人參果、正唐梅、宋玉書等等。
    武夷山茶樹名叢中最優異者，為大紅袍、鐵羅漢、白雞冠、水金龜，號稱武夷巖茶四大名叢，清代感豐年間（1851-1861年）已蜚聲遐邇。
    肉桂，原為武夷山慧苑巖的名叢，早些年已利用扦插繁殖推而廣之，成為巖茶中后起之秀的高香品種。
    武夷茶區除了就地選種外，還不斷從外地引進茶樹良種，如水仙、烏龍、梅占、奇蘭、鐵觀音、桃仁、黃木炎、雪梨（佛手）、毛蟹等。